Das ZMT ist maßgeblich beteiligt an der Koordination und am Lehrangebot verschiedener internationaler Studiengänge.
Lehrveranstaltungen des ZMT sind in den internationalen Studiengang ISATEC eingebunden, der an der Universität Bremen durchgeführt wird.
Gemeinsam mit Kollegen aus Kiel und Qingdao koordiniert das ZMT die Deutsch-Chinesische Initiative in den Meereswissenschaften.