Das ZMT ist in verschiedenen internationalen Organisationen aktiv, die sich zur Aufgabe gemacht haben, die Kooperation in meeresbezogener Forschung, Ausbildung und Schutzprogrammen zu fördern. Sie unterstützen Regierungen in ihren Bemühungen um ein nachhaltiges Küsten-management durch den Austausch von Wissen und Technologie sowie die Koordination von internationalen Ausbildungsprogrammen.
International Ocean Institute
Das International Ocean Institute (IOI) wurde 1972 von Elisabeth Mann-Borgese als gemeinnützige internationale Organisation in Malta gegründet. Es besteht heute aus einem Netzwerk von Außenstellen an Forschungsinstituten und Universitäten in 25 Ländern. Seit 2002 beherbergt das ZMT die deutsche Niederlassung. Das IOI setzt sich für eine friedliche und nachhaltige Nutzung der Ozeane ein und ist in Ausbildung und Beratung zu Themen wie Seerecht, Management von Küsten und Ressourcen, Verschmutzung oder Verkehr und Transport aktiv.
Direktor IOI Deutschland
Scientific Committee on Problems of the Environment / Scientific Committee on Ocean Research
Das ZMT kooperiert mit den Organisationen SCOPE und SCOR des International Council for Science (ICSU). Für SCOPE führt es den Vorsitz des deutschen Landesausschusses, für SCOR des neu eingerichteten „Committee for Capacity Building“. Es nimmt zudem an gemeinsamen Forschungsvorhaben teil.
Intergovernmental Oceanographic Commision
Verbindungen bestehen auch zu der IOC, insbesondere zu deren Südostasien-Vertretung IOC-WESTPAC. Das ZMT beteiligt sich an der Entwicklung von Ausbildungsstrategien.
Centre for Science and Technology of the Non-aligned Movement and Developing Nations
Im Rahmen einer Kooperation mit dem NAM S&T Centre in Neu Delhi bietet das ZMT besonders begabten jungen Wissenschaftlern aus tropischen Ländern die Möglichkeit zu einem Gastaufenthalt am Institut.